Dokkadeltaet naturreservat er en av de største og mest betydningsfulle rasteplassene langs en av hovedtrekkrutene på Østlandet for trekkende vannfugl. Mudderbankenes tørrlegging i april og mai øker tilgjengeligheten av næringsdyr, samt at deltaets høye biologiske produksjon gir gode fødebetingelser for betydelige konsentrasjoner av mange fuglearter. En lang rekke sjeldne, sårbare og truete fuglearter opptrer i verneområdet, og totalt 52 arter fra den norske rødlista er påvist.

Under vårtrekket opptrer flere arter i store antall. Blant dem er det observert toppdykker, kortnebbgås, krikkand, toppand, trane, heilo og gluttsnipe. Deltaets varierte våtmarksnatur gir en artsrik hekkefuglefauna i verneområdet. Vannfugl, dagrovfugler, ugler og spurvefugl så som flere sjeldne og fåtallige fuglearter, blant dem toppdykker, skjeand, knekkand, jordugle, kattugle, dvergspett, vendehals og rosenfink finner egnede hekkeplasser i deltaområdet.

Høsttrekket starter allerede i august og varer fram til islegging i november. I år med lav vannstand er innslaget av arktiske vadere betydelig i august og september. Tundralo, polarsnipe, dvergsnipe og tundrasnipe er eksempler på slike arter. Gressender, dykkender, gjess og svaner benytter deltaet helt til isleggingen presser dem videre sørover. I tillegg trekker mye spurvefugl og noen rovfugl gjennom deltaet også om høsten. Høsttrekket har innslag av sjeldne fuglearter som gråstrupedykker, lappfiskand, sivhauk, aftenfalk, dvergmåke, alke.










.